名偵探柯南899後₁₉₉₆

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人稱日本警察之救世主的高中生偵探工籐新一在與青梅竹馬毛利蘭去遊樂園遊玩時，不經意地發現行蹤可疑的黑衣人。工籐新一於是尾隨跟蹤，並目睹了黑衣人正在進行可疑交易。不料，卻被另一名黑衣人在背後擊暈，並被強行灌下一種名為APTX-4869的毒藥，致使身體變小。 為了不讓身邊的人受到波及，工籐新一不得...已隱藏了自己還活著的事實。在情急之下，工籐新一受到《福爾摩斯》的作者《阿瑟·柯南·道爾》和《江戶川亂步》名字的啟發，改名為《江戶川柯南》。 為了在不暴露真實身份的情況下調查黑衣人的下落，工籐新一便寄住在毛利蘭的家中，想借助以偵探為職業的毛利蘭的父親毛利小五郎來找尋黑衣組織。不料，毛利小五郎經常做一些《發育不良》的錯誤推理。作為偵探，柯南實在看不下去，幫助小五郎大叔破了許多案子，大叔得以名聲大震，成為《沉睡的小五郎》，並繼續追蹤黑衣人及其成員。